Ep. 1: L'equipaggio dell'Osiris combatte i Sentinels mentre Jue lancia un avvertimento nella Matrix prima che la nave venga distrutta.

Il capitano Thadeus e Jue partecipano a un combattimento con le spade nella realtà virtuale che li spoglia dei vestiti, finché un'allarme interrompe il loro bacio. Più tardi, l'hovercraft Osiris si avvicina a Junction 21, dove l'operatore Robbie rileva un esercito di Sentinels. La nave fugge in un tunnel inesplorato, distruggendo una pattuglia prima di riemergere a quattro chilometri sopra Zion. Thadeus e Jue osservano le Macchine usare trivelle giganti per scavare un tunnel verso Zion. Mentre l'esercito di Sentinels insegue l'Osiris, Jue si offre volontaria per entrare nella Matrix e avvertire Zion. Prima di partire, la coppia si confessa di aver sbirciato l'uno nell'altra durante la simulazione e si scambiano un bacio d'addio. Jue lascia cadere un pacco in una cassetta della posta, dando inizio alla prologazione del videogioco Enter the Matrix. Cerca di contattare Thadeus mentre i Sentinels salgono a bordo dell'Osiris. Thadeus fa un'ultima resistenza e la nave esplode, uccidendo l'equipaggio. Jue crolla e muore nella Matrix mentre il suo corpo fisico viene distrutto.
Episodi
- Ep. 1 · L'equipaggio dell'Osiris combatte i Sentinels mentre Jue lancia un avvertimento nella Matrix prima che la nave venga distrutta.
- Ep. 2 · La Seconda Rinascita Parte I
- Ep. 3 · Le macchine si vendicano sull'umanità con attacchi nucleari e guerra biologica dopo che gli umani hanno dispiegato nuvole di naniti.
- Ep. 4 · Neo appare in questo corto dell'Animatrix, ambientato tra i primi due film.
- Ep. 5 · Cis si allena in una simulazione del Giappone feudale dove duella e uccide la sua alleata Duo.