Ep. 3: Le macchine si vendicano sull'umanità con attacchi nucleari e guerra biologica dopo che gli umani hanno dispiegato nuvole di naniti.

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Dopo che gli umani rifiutano la coesistenza, l'ONU bombarda Zero One, spingendo le macchine a dichiarare guerra e conquistare territori. Gli umani avviano l'Operazione Dark Storm, utilizzando naniti per bloccare l'energia solare, il che fa collassare la biosfera. Nonostante i successi iniziali degli umani con armi avanzate, le capacità produttive delle macchine e i nuovi modelli simili a insetti le sopraffanno. Le macchine sviluppano l'energia di fusione utilizzando la bioelettricità umana, trasformando i prigionieri in batterie viventi. I leader umani ricorrono all'uso di armi nucleari sulle proprie forze e subiscono attacchi di guerra biologica. Realizzando la sconfitta totale, il rappresentante di Zero One firma i termini di resa presso la sede delle Nazioni Unite a New York City prima di far detonare una bomba nascosta, distruggendo l'edificio e il resto della leadership. Le macchine vincono la guerra, lasciando un mondo devastato. Successivamente perfezionano la loro tecnologia per costruire enormi centrali elettriche dove gli umani servono come fonti di energia, creando il primo prototipo di Matrix per sedare i prigionieri tramite realtà virtuale.