Ep. 4: Neo appare in questo corto dell'Animatrix, ambientato tra i primi due film.

Ambientato durante i sei mesi di intervallo tra Matrix e Matrix Reloaded, questo corto vede Neo (Keanu Reeves) e il Ragazzo (Clayton Watson). Ex Michael Karl Popper, un adolescente disilluso mette in discussione la realtà tramite una chat online. Dopo aver scarabocchiato i nomi di Neo e Trinity a scuola, riceve una telefonata di avvertimento da Neo riguardo all'avvicinarsi degli Agenti. Inseguito attraverso la scuola superiore, il Ragazzo si getta dal tetto, fidandosi di Neo. Al suo funerale, un insegnante suggerisce che il mondo non è reale. Il Ragazzo si risveglia poi nel mondo reale, dove Neo e Trinity (Carrie-An Moss) osservano il suo raggiungimento dell'auto-sostanziazione, un'impresa precedentemente considerata impossibile. Neo chiarisce che il Ragazzo ha salvato se stesso, e la storia si conclude con la risposta online: "Non sei solo."
Episodi
- Ep. 1 · L'equipaggio dell'Osiris combatte i Sentinels mentre Jue lancia un avvertimento nella Matrix prima che la nave venga distrutta.
- Ep. 2 · La Seconda Rinascita Parte I
- Ep. 3 · Le macchine si vendicano sull'umanità con attacchi nucleari e guerra biologica dopo che gli umani hanno dispiegato nuvole di naniti.
- Ep. 4 · Neo appare in questo corto dell'Animatrix, ambientato tra i primi due film.
- Ep. 5 · Cis si allena in una simulazione del Giappone feudale dove duella e uccide la sua alleata Duo.
- Ep. 6 · Dan Davis tenta di battere il suo record mondiale nei 100 metri piani nonostante i gravi rischi fisici e l'interferenza degli Agenti.
- Ep. 7 · Yoko cerca il suo gatto Yuki in una casa stregata della Mega City piena di glitch di Matrix.
- Ep. 8 · Il detective Ash, finito male, indaga sull'hacker misterioso Trinity in un futuro distopico.