Ep. 48: La battaglia finale termina mentre Masaru e Agumon sconfiggono Yggdrasil e affrontano la separazione

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I residenti e i Digimon uniscono la loro luce del DNA per potenziare Masaru e Agumon, che entrano in Modalità Burst per sconfiggere Yggdrasil. Il leader riconosce che il potenziale combinato di umani e Digimon garantisce la crescita, fermando la collisione del mondo. I membri del DATS celebrano i riavvicinamenti, tra cui Masaru e Chika con Suguru, ma la tristezza segue poiché i Digimon devono tornare per ricostruire il Mondo Digitale. Masaru inizialmente risente di questa separazione, ma alla fine si precipita per unirsi ad Agumon. Cinque anni dopo, Chika e Ikuto frequentano la scuola media, mentre Touma vince il Premio Nobel per aver curato Relena. Yoshino, Megumi, Miki e il Comandante Satsuma servono nelle forze di polizia, con Yoshino che multava Kouki. Masaru e Agumon si affermano come pacieri nel Mondo Digitale.