Ep. 1: Tetsuro e sua madre vengono attaccati dal Conte Mecha sulla strada per la stazione di Megalopolis.

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Durante il viaggio verso la stazione di Megalopolis, Tetsuro e sua madre vengono aggrediti dal Conte Mecha, causando la morte della madre. Tetsuro viene poi salvato da una donna misteriosa che assomiglia al suo genitore defunto. Ella lo invita a viaggiare a bordo della Galaxy Express 999. Spinto dal dolore e dal desiderio di immortalità, il giovane ragazzo accetta l'offerta, cercando di ottenere un corpo meccanico. Questo incontro segna l'inizio del suo viaggio attraverso la galassia, mentre lascia alle spalle il suo passato tragico per perseguire una nuova esistenza attraverso la tecnologia, guidato dall'enigmatico conduttore e dal leggendario treno.