Ep. 23: Le forze di Mulian chiedono la resa di RahXephon mentre Kunugi resta indietro per attivare il dispositivo del sistema Jupiter
Le forze di Mulian lanciano un ultimatum per consegnare RahXephon o affrontare l'annientamento, ma TERRA rifiuta. Kunugi torna come comandante e Haruka riacquista la sua posizione. Masayoshi Kuki minaccia l'Organizzazione TERRA di consegnare RahXephon entro un giorno o di affrontare il Dolem in arrivo chiamato Largo. Nirai-Kanai viene evacuato nella base, lasciando Kunugi solo a gestire i sistemi di difesa. Si scopre che Kuki era il superiore di Kunugi durante la guerra di Mulian. Ixtli supplica Ayato di entrare nella sintonizzazione, avvertendo che tutta l'umanità andrà perduta e dimenticata altrimenti. Mentre Kunugi sembra sopraffatto da Largo, attiva il dispositivo del sistema Jupiter come arma segreta per ritorcersi contro Kuki, distruggendo l'intera isola.
Episodi
- Ep. 19 · Ayato fugge da Tokyo Jupiter mentre affronta il trauma della caccia di Vibrato e Futagami
- Ep. 20 · Ayato torna a TERRA sotto Isshiki mentre Mamoru si riunisce ad Ayato e Megumi dopo la fuga da Tokyo.
- Ep. 21 · L'acquisizione di TERRA da parte di Isshiki mette a dura prova i rapporti mentre Mamoru scopre il passato di Hiroko e i segreti di Ayato.
- Ep. 22 · Ayato e Quon affrontano Ixtli mentre Makoto viene licenziata dopo l'operazione anticipata.
- Ep. 23 · Le forze di Mulian chiedono la resa di RahXephon mentre Kunugi resta indietro per attivare il dispositivo del sistema Jupiter
- Ep. 24 · Ayato sceglie la sua strada nel mezzo della battaglia tra le forze di TERRA e Mulian
- Ep. 25 · Ayato e Quon rivelano la loro connessione mentre RahXephon si divide nel mezzo della distruzione della città.
- Ep. 26 · Il confronto finale tra i veri RahXephon si conclude con Ayato che ripristina il mondo per riunirsi con Haruka.