Ep. 22: Ayato e Quon affrontano Ixtli mentre Makoto viene licenziata dopo l'operazione anticipata.
In onda il 7 agosto 2002
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Mishima rivela il suo vero scopo ad Ayato durante un incontro faccia a faccia. Makoto licenzia Haruka per il furto di Ayato e anticipa l'operazione di un'ora. La barriera si indebolisce mentre Ayato dipinge Reika e Quon suona il pianoforte. Ixtli appare per aiutarli ad accedere alla sintonizzazione, ma solo Quon accetta. Souichi rimuove Makoto dai suoi ruoli di comandante e osservatore. Quon si risveglia mentre l'uovo nero si schiude, mentre Ayato sigilla il RahXephon all'interno dell'uovo bianco.
Episodi
- Ep. 18 · Ayato e Hiroko fuggono da Tokyo Jupiter dopo la battaglia tra RahXephon e Dolem Falsetto
- Ep. 19 · Ayato fugge da Tokyo Jupiter mentre affronta il trauma della caccia di Vibrato e Futagami
- Ep. 20 · Ayato torna a TERRA sotto Isshiki mentre Mamoru si riunisce ad Ayato e Megumi dopo la fuga da Tokyo.
- Ep. 21 · L'acquisizione di TERRA da parte di Isshiki mette a dura prova i rapporti mentre Mamoru scopre il passato di Hiroko e i segreti di Ayato.
- Ep. 22 · Ayato e Quon affrontano Ixtli mentre Makoto viene licenziata dopo l'operazione anticipata.
- Ep. 23 · Le forze di Mulian chiedono la resa di RahXephon mentre Kunugi resta indietro per attivare il dispositivo del sistema Jupiter
- Ep. 24 · Ayato sceglie la sua strada nel mezzo della battaglia tra le forze di TERRA e Mulian
- Ep. 25 · Ayato e Quon rivelano la loro connessione mentre RahXephon si divide nel mezzo della distruzione della città.
- Ep. 26 · Il confronto finale tra i veri RahXephon si conclude con Ayato che ripristina il mondo per riunirsi con Haruka.