Ep. 21: L'acquisizione di TERRA da parte di Isshiki mette a dura prova i rapporti mentre Mamoru scopre il passato di Hiroko e i segreti di Ayato.
In onda il 31 luglio 2002
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Le tensioni aumentano mentre il controllo di Isshiki su TERRA crea attriti tra il gruppo. Mamoru scopre la verità riguardo all'arrivo di Hiroko con Ayato, mentre Souichi e Haruka scoprono i piani di Makoto per violare la barriera di Tokyo Jupiter. Quon rimane alla Fondazione Bähbem, e Mamoru identifica Reika come Ixtli durante una visita con Makoto e Ayato. Cercando maggiori dettagli su Ayato, Mamoru interroga Megumi. Dopo aver esaminato il diario di Hiroko e ascoltato un messaggio vocale da Megumi, Mamoru affronta Ayato, avvertendolo che alla fine dovrà affrontare una scelta critica tra i percorsi rosso e blu.
Episodi
- Ep. 17 · Elvy insegue Ayato e Quon mentre il RahXephon affronta le minacce dei Dolem a Tokyo Jupiter.
- Ep. 18 · Ayato e Hiroko fuggono da Tokyo Jupiter dopo la battaglia tra RahXephon e Dolem Falsetto
- Ep. 19 · Ayato fugge da Tokyo Jupiter mentre affronta il trauma della caccia di Vibrato e Futagami
- Ep. 20 · Ayato torna a TERRA sotto Isshiki mentre Mamoru si riunisce ad Ayato e Megumi dopo la fuga da Tokyo.
- Ep. 21 · L'acquisizione di TERRA da parte di Isshiki mette a dura prova i rapporti mentre Mamoru scopre il passato di Hiroko e i segreti di Ayato.
- Ep. 22 · Ayato e Quon affrontano Ixtli mentre Makoto viene licenziata dopo l'operazione anticipata.
- Ep. 23 · Le forze di Mulian chiedono la resa di RahXephon mentre Kunugi resta indietro per attivare il dispositivo del sistema Jupiter
- Ep. 24 · Ayato sceglie la sua strada nel mezzo della battaglia tra le forze di TERRA e Mulian
- Ep. 25 · Ayato e Quon rivelano la loro connessione mentre RahXephon si divide nel mezzo della distruzione della città.