Ep. 9: Ayato e Quon visitano un misterioso santuario il primo dell'anno mentre Haruka li cerca.
In onda il 25 marzo 2002

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Il primo dell'anno, Ayato, Quon e Haruka vanno in spiaggia. Durante una gita in barca, dopo che Haruka si tuffa in acqua, Ayato e Quon intravedono Reika vicino a un faro. I due scappano insieme, trovando un santuario sull'isola. Haruka, dopo aver scoperto da Futagami che il santuario ha portato le persone a essere rapite, cerca disperatamente di trovare Ayato e Quon. Ayato si ritrova a cadere dal cielo verso Tokyo Jupiter e Quon appare davanti a Reika come un'illusione, ma riescono a uscire sentendo Haruka canticchiare una canzone dall'esterno del santuario.
Episodi
- Ep. 5 · Il turbamento emotivo di Ayato pietrifica il RahXephon, portando al suo trasferimento sotto la cura del Professor Rikudo.
- Ep. 6 · Ayato combatte un Dolem sotto terra mentre Kim Hotal cerca vendetta per la morte dei suoi genitori in Australia.
- Ep. 7 · Futagami indaga sulla TERRA mentre Ayato ed Elvy combattono un Dolem fluttuante tra le nuvole.
- Ep. 8 · Itsuki organizza una festa di Natale mentre Sayoko diventa il Dolem Sforzando di ghiaccio durante la prima nevicata.
- Ep. 9 · Ayato e Quon visitano un misterioso santuario il primo dell'anno mentre Haruka li cerca.
- Ep. 10 · Quon suona una strana melodia mentre Kunugi cerca una chiusura per sua figlia Michiru
- Ep. 11 · Ayato affronta il guasto ai sistemi di supporto vitale e incontri surreali mentre si confronta con il suo destino di strumentista del RahXephon.
- Ep. 12 · Quon scompare dall'ospedale mentre Ayato affronta un Dolem che minaccia il RahXephon.
- Ep. 13 · Indagine sulle origini di Quon e sull'esperimento del primo esemplare umano