Ep. 1: Nagate Tanikaze si unisce all'addestramento dei piloti Guardian di Sidonia dopo essere sfuggito alla cattura

Affamato sulla nave spaziale Sidonia, Nagate Tanikaze viene colto mentre ruba riso e fugge dalla custodia ospedaliera. Viene condotto dal Capitano Kobayashi, che affida Shizuka Hoshijiro come sua tutrice a condizione che si unisca al programma di addestramento dei piloti Guardian. Nagate scopre che i piloti si difendono dai Gauna, una minaccia aliena vista per l'ultima volta cento anni fa. Fa amicizia con Izana Shinatose, un cadetto senza genere, ma fa fatica con i controlli del simulatore Guardian Tipo 18. Assegnato alla leggendaria unità Tipo 17 Tsugumori invece del preferito Tipo 18, Nagate trova i controlli familiari. Durante un'operazione di estrazione su un asteroide vicino, un Gauna emerge dalla roccia, segnando la prima apparizione in un secolo. Identificato come Gauna 487, la creatura attacca il gruppo. L'episodio si conclude con Nagate ferito e la Tsugumori gravemente danneggiata dall'improvviso assalto.

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