Ep. 2: Nagate affronta il Gauna nelle sembianze di Yamano mentre i piloti veterani visitano l'accademia.

La pilota Eiko Yamano viene uccisa e assorbita da un Gauna, che ne assume le sembianze. Nagate riprende conoscenza e ingaggia un combattimento contro questa entità, disobbedendo agli ordini di ritirata dopo che Sidonia ha sparato con il suo Cannone a Massa Pesante. Sebbene non disponga di armi in grado di distruggere il Gauna, si ritira quando il proiettile respinge con successo la creatura. I cadetti fanno ritorno sani e salvi e viene celebrato un funerale per Yamano, mentre l'alto comando dichiara che Sidonia è di nuovo in guerra. Tre giorni dopo, Nagate rimane profondamente turbato, faticando a dormire o mangiare nonostante le ossa si stiano rimarginando. Deve ancora indossare i gessi. Nel frattempo, i quattro piloti veterani di grado più elevato, guidati da Mochikuni Akai, arrivano all'accademia. I cadetti, tra cui Kunato, si aspettano che i veterani li visitino, ma Akai li ignora completamente. Invece, Akai si avvicina a Nagate, il che infuria Kunato.

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