Ep. 5: Nagate e Shizuka alla deriva nello spazio dopo il fallimento di Tsugumori, mentre Sidonia si prepara alle operazioni di ricerca.
In onda il 9 maggio 2014

Nagate individua Shizuka, ma Tsugumori perde energia, lasciandoli bloccati nello spazio. Lala Hiyama esorta Kobayashi a organizzare una ricerca, ma lei si rifiuta. Le lezioni di storia coprono l'arrivo dei Gauna nel 2109, il lancio di Sidonia nel 2384 e il contatto con gli Aposims nel 2691. Il catalizzatore Kabi fu trovato 600 anni fa da una forza d'urto che includeva Kobayashi, Hiyama, Hiroki Saito e Ochiai. Nagate racconta la sua vita sotterranea e il fatto di aver battuto il punteggio della console Type 17 di suo nonno a sei anni. Dopo aver trascorso oltre tre settimane nel Tsugumori abbandonato con scorte in esaurimento, vengono salvati da 256 piloti guardiani che disobbedirono agli ordini del capitano.
Episodi
- Ep. 1 · Nagate Tanikaze si unisce all'addestramento dei piloti Guardian di Sidonia dopo essere sfuggito alla cattura
- Ep. 2 · Nagate affronta il Gauna nelle sembianze di Yamano mentre i piloti veterani visitano l'accademia.
- Ep. 3 · Nagate partecipa al Festival della Gravità mentre la squadra di Akai affronta una minaccia mortale dei Gauna.
- Ep. 4 · Kobayashi ordina una manovra d'emergenza dopo la morte dello squadrone Akai, portando alla collisione con i Gauna e al recupero del Kabizashi.
- Ep. 5 · Nagate e Shizuka alla deriva nello spazio dopo il fallimento di Tsugumori, mentre Sidonia si prepara alle operazioni di ricerca.
- Ep. 6 · Nagate e Shizuka tornano a Sidonia come eroi prima di affrontare una nuova minaccia Gauna
- Ep. 7 · Nagate riflette sulla morte di Shizuka mentre affronta nuove minacce Gauna e un ordine di distruzione planetaria.
- Ep. 8 · Le squadre di Nakazono, Samari e Kunato combattono i Gauna mentre Nagate recupera un campione simile a Shizuka.
- Ep. 9 · Nagate stringe un legame con Placenta Shizuka mentre Kunato scopre segreti su Ochiai e i piani di terraformazione.