Ep. 1: Kunato e Mozuki intrappolati dai parassiti e costretti a controllare gli altri mentre Nagate affronta la perdita e la battaglia.

Kunato e Mozuki scoprono il laboratorio abbandonato di Ochiai e cadono in una trappola, con i loro corpi dirottati dai parassiti. Ora sotto il controllo di Ochiai, Kunato e Mozuki visitano il laboratorio di Numi e mettono il suo corpo sotto il controllo di un parassita. Quando Nagate appare per visitare Placental Shizuka, scopre che è stata trasferita altrove. Depresso per la sua scomparsa, Nagate sente da Yuhata che Placental Shizuka è sotto custodia per la ricerca e che non deve più vederla. Si rivolge quindi a Kunato per avere risposte, ma senza successo. Qualche tempo dopo, un enorme Gauna si avvicina a Sidonia e Nagate si unisce alla sortita contro di esso, pilotando il suo nuovo guardiano, il "Tsugumori Kai". Tuttavia, Nagate e gli altri piloti non riescono a sfondare la placenta potenziata del nemico finché non appare un'enorme creatura simile a un Gauna per assisterli. Con Kunato che ne agisce come pilota, la creatura si presenta come Tsumugi Shiraui.

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