Ep. 4: Tsumugi protegge Sidonia da un raggio Gauna mentre Nagate distrugge il nucleo principale.

I Guardiani difendono la nave da una seconda ondata Gauna mentre Tsumugi disobbedisce agli ordini di ritirata per combattere con furore nonostante le ferite. Izana interviene per calmarla, ma il suo Guardiano è troppo danneggiato per continuare. Tsumugi scorta Izana in salvo mentre Nagate e altri attaccano il corpo principale fino a quando questo fonde i suoi nuclei in una singola struttura. Questa struttura spara un potente raggio Hyggs che distrugge diversi Guardiani e minaccia Sidonia. Tsumugi usa il suo corpo per deviare il raggio e proteggere la nave. Prima che i Gauna possano sparare di nuovo, Nagate espelle il propulsore principale di Tsugumori per creare un'esplosione, esponendo il nucleo principale affinché gli altri piloti possano distruggerlo. Dopo la battaglia, Nagate chiama Izana e Tsumugi, e un Izana ferito risponde, chiedendo aiuto mentre tiene in braccio il corpo gravemente danneggiato di Tsumugi.
Episodi
- Ep. 1 · Kunato e Mozuki intrappolati dai parassiti e costretti a controllare gli altri mentre Nagate affronta la perdita e la battaglia.
- Ep. 2 · Tsumugi rivela la sua natura di Chimera dopo la battaglia mentre Kobayashi mette in salvo i dati di ricerca
- Ep. 3 · Sidonia si dirige verso il sistema stellare di Lem mentre Tsumugi affronta una minaccia nascosta dei Gauna.
- Ep. 4 · Tsumugi protegge Sidonia da un raggio Gauna mentre Nagate distrugge il nucleo principale.
- Ep. 5 · Izana e Tsumugi ricevono protesi e rigenerazione mentre Sidonia arriva nel Sistema Stellare Lem
- Ep. 6 · Nagate cerca alloggio vicino a Tsumugi mentre il test dell'Emissore a Fascio Gravitazionale si conclude con una crescita imprevista di tentacoli.
- Ep. 7 · I Guardiani gestiscono un malfunzionamento dell'arma mentre i piloti affrontano nuovi test dell'armatura e rivelazioni personali.
- Ep. 8 · Nagate e Izana incontrano Yuhata a casa prima che Yure cerchi l'aiuto di Sasaki per il test dell'emettitore.