Ep. 3: Sidonia si dirige verso il sistema stellare di Lem mentre Tsumugi affronta una minaccia nascosta dei Gauna.
In onda il 25 aprile 2015

Dopo la distruzione dell'Assemblea Immortale, Kobayashi dirige Sidonia verso il sistema stellare di Lem per inseguire la nave madre dei Gauna che mette in pericolo i coloni di Lem VII. Yure ricorda la rivelazione di Kunato, il quale ha creato Tsumugi utilizzando DNA umano su Placental Shizuka, che appare di nuovo incinta. Yuhata incontra Nagate e Izana, stringendo infine amicizia con loro. Più tardi, mentre Tsumugi si prepara per le esercitazioni congiunte, scorge un grande Gauna che ha assimilato furtivamente una nave coloniale. Lancia un attacco solitario, ma il nemico costruisce una trappola massiccia. Di conseguenza, un plotone di 96 Piloti Guardiani, tra cui Nagate, parte per salvarla dall'imboscata.
Episodi
- Ep. 1 · Kunato e Mozuki intrappolati dai parassiti e costretti a controllare gli altri mentre Nagate affronta la perdita e la battaglia.
- Ep. 2 · Tsumugi rivela la sua natura di Chimera dopo la battaglia mentre Kobayashi mette in salvo i dati di ricerca
- Ep. 3 · Sidonia si dirige verso il sistema stellare di Lem mentre Tsumugi affronta una minaccia nascosta dei Gauna.
- Ep. 4 · Tsumugi protegge Sidonia da un raggio Gauna mentre Nagate distrugge il nucleo principale.
- Ep. 5 · Izana e Tsumugi ricevono protesi e rigenerazione mentre Sidonia arriva nel Sistema Stellare Lem
- Ep. 6 · Nagate cerca alloggio vicino a Tsumugi mentre il test dell'Emissore a Fascio Gravitazionale si conclude con una crescita imprevista di tentacoli.
- Ep. 7 · I Guardiani gestiscono un malfunzionamento dell'arma mentre i piloti affrontano nuovi test dell'armatura e rivelazioni personali.