Ep. 2: Tsumugi rivela la sua natura di Chimera dopo la battaglia mentre Kobayashi mette in salvo i dati di ricerca
In onda il 18 aprile 2015

Dopo una battaglia in cui Tsumugi combatte Gauna con l'arma distrutta, Nagate la salva da Tsuruuchi. Tsumugi distrugge il nemico con l'autorizzazione di Kunato. Kobayashi rivela che Tsumugi è un ibrido Gauna-umano creato a Sidonia, spingendo l'Assemblea della Nave Immortale a intervenire. Kobayashi limita l'accesso alla ricerca di Ochiai estratta da Kunato. In seguito, Kunato presenta Tsumugi pubblicamente, ma la sua eccitazione spaventa il pubblico, ponendo fine all'incontro. Nagate e Izana stringono amicizia con Tsumugi separatamente. L'Assemblea vota per l'impeachment di Kobayashi, ma Ochiai rivela di aver sentito tutto e li uccide tutti su ordine di Kobayashi.
Episodi
- Ep. 1 · Kunato e Mozuki intrappolati dai parassiti e costretti a controllare gli altri mentre Nagate affronta la perdita e la battaglia.
- Ep. 2 · Tsumugi rivela la sua natura di Chimera dopo la battaglia mentre Kobayashi mette in salvo i dati di ricerca
- Ep. 3 · Sidonia si dirige verso il sistema stellare di Lem mentre Tsumugi affronta una minaccia nascosta dei Gauna.
- Ep. 4 · Tsumugi protegge Sidonia da un raggio Gauna mentre Nagate distrugge il nucleo principale.
- Ep. 5 · Izana e Tsumugi ricevono protesi e rigenerazione mentre Sidonia arriva nel Sistema Stellare Lem
- Ep. 6 · Nagate cerca alloggio vicino a Tsumugi mentre il test dell'Emissore a Fascio Gravitazionale si conclude con una crescita imprevista di tentacoli.