16화: Neo UN 함대가 Alvis 기지를 확보하고 Seri와 Tsubaki가 Festum 공격 전에 재회하다.
2004년 10월 25일 방영
Neo UN 함대가 Alvis 기지를 장악하지만 섬에서 새로운 Festum의 공격을 받는다. Seri Tatekami가 귀환 전 여성 섬 코어인 Tsubaki Minashiro와 함께 있었음이 밝혀진다. Chizuru가 Tsubaki를 찾아 등대로 데려간다. Tsubaki는 Fumihiko와 Soushi를 두 번째 지휘소로 안내한다. Mamoru, Kenji, Sakura는 Festum과 싸우지만 결국 패배한다. Kazuki가 Fafner Mark Sein에 도착해 Soushi와 동기화하고, 소총과 창검으로 적을 파괴한다.
에피소드 수
- 12화 · 마모루와 다른 이들은 페스텀에 맞서 파프너를 조종하고, 카즈키는 구금되며 소우시의 숨겨진 감정이 드러난다.
- 13화 · 미쓰히로가 일본의 파괴와 페스텀 학살을 설명하고 헤스터가 새로운 무기를 공개한다.
- 14화 · 마야와 교헤이가 카즈키를 구출하고, 네오 UN이 페스텀 코어를 위해 알비스 기지를 침공하다
- 15화 · 라바 구덩이에서 이둔과 대치하며 과거의 트라우마와 수정 이식물을 되새기는 카즈키
- 16화 · Neo UN 함대가 Alvis 기지를 확보하고 Seri와 Tsubaki가 Festum 공격 전에 재회하다.
- 17화 · 마야가 데이터를 공유하고 교헤이가 요키의 희생을 보고하며 츠바키의 정체가 드러나고 카논이 페니르 시스템을 가동한다
- 18화 · 미치오와 캐논이 정착하고 미쓰히로가 custody trial에서 마야의 위조된 시험 결과를 도전하다
- 19화 · 마야는 저격수로 훈련받으며 파일럿들은 뼈 축제 통지 동안 페스텀 공격에 직면한다.
- 20화 · 외계인 침공 후 카논과 사쿠라의 화해와 등불 준비