Ep. 13: Shira uccide O-Ren mentre Rin decide di addestrarsi come spadaccina

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Hyakurin assume Shira per assassinare Magatsu, che ha abbandonato O-Ren. Anotsu scopre che lo Shingyoutou-ryuu condivide radici filosofiche con l'Ittou-ryuu. Shira torna per riferire di non aver trovato Magatsu ma di aver ucciso O-Ren, irritando Hyakurin. Rin discute le parole di Anotsu e Makie con Manji, sentendosi confusa sul proprio cammino. Manji fa notare che quelli responsabili della morte dei suoi genitori sono già morti. Magatsu scopre il cadavere di O-Ren e realizza il suo amore, affrontando le rimostranze del locandiere. Yaobikuni consiglia a Rin di essere forte e di seguire la propria via invece di esitare. Ispirata, Rin abbandona i suoi dubbi e si allena con totale dedizione per diventare una spadaccina. Il Mugai-ryuu si prepara al conflitto contro l'Ittou-ryuu, che Habaki monitora. L'episodio si conclude mostrando i percorsi divergenti dei personaggi superstiti.