Ep. 25: Ayato e Quon rivelano la loro connessione mentre RahXephon si divide nel mezzo della distruzione della città.
In onda il 28 agosto 2002
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Nel Giappone in rovina, i sopravvissuti tentano di ricostruire mentre Ayato arriva e Quon esegue il suo piano finale. Il RahXephon scatena un'onda arcobaleno su Obbligato, causando distruzione di massa e vittime. I membri dell'unità della flotta Elvy e Souichi muoiono, rattristando Haruka e Kim. Makoto viene colpito da Helena prima che lo faccia Itsuki, essendo un clone difettoso. Si rivela che Ayato e Quon sono le metà del RahXephon, esponendo lo scopo della loro esistenza.
Episodi
- Ep. 21 · L'acquisizione di TERRA da parte di Isshiki mette a dura prova i rapporti mentre Mamoru scopre il passato di Hiroko e i segreti di Ayato.
- Ep. 22 · Ayato e Quon affrontano Ixtli mentre Makoto viene licenziata dopo l'operazione anticipata.
- Ep. 23 · Le forze di Mulian chiedono la resa di RahXephon mentre Kunugi resta indietro per attivare il dispositivo del sistema Jupiter
- Ep. 24 · Ayato sceglie la sua strada nel mezzo della battaglia tra le forze di TERRA e Mulian
- Ep. 25 · Ayato e Quon rivelano la loro connessione mentre RahXephon si divide nel mezzo della distruzione della città.
- Ep. 26 · Il confronto finale tra i veri RahXephon si conclude con Ayato che ripristina il mondo per riunirsi con Haruka.