Senritsu no Mirage Pokémon

謎の研究者であるドクター・ユンは、デジタルデータを用いて絶滅したポケモンを蘇らせることが可能なミラージュシステムを開発しました。彼はプロフェッサー・オーケー、アッシュらを自宅に招待し、そのデモンストレーションを披露しようとします。アッシュがドクター・ユンの蘇らせたポケモンと戦っている最中に、システムに異常が発生します。突然、ミラージュ・エアドナクルが現れ、ドクター・ユンを連れ去ってしまいます。その後、ミラージュ・マスターという人物が登場し、そのシステムによって弱点のないポケモンを生成できると主張します。アッシュ、ミスト、プロフェッサー・オーケーは彼を止めるとともに、生き残る方法を探ることになります。