D Genesis: Dungeon ga Dekite 3-nen

3年前、エリア51での実験によって、ダンジョンが地球に出現しました。様々な背景を持つ人々が、今や危険なダンジョンを冒険し、宝物や力、魔法を求めるようになっています。冒険に興味を持たない事務職員の吉村圭吾は、単純な生活を求めて仕事から抜け出したいと夢見ていました。あるビジネス旅行中に、彼は新しいダンジョンを発見し、意図せずしてダンジョン探索をRPGのような体験に変える魔法の能力を手に入れます。状況がエスカレートする中、圭吾は世界屈指の冒険者へと成長していきます。数学の才能を持ち、同僚でもある宮城亜鈴とともに、彼は出会うステータス表示から利益を得ようとしています。しかし、その新たな成功は軍隊や政府、他にも危険な存在の注目を浴びることとなり、静かな生活を求める彼の夢はますます遠ざかっていきます。