D Genesis: Dungeon ga Dekite 3-nen

3년 전, 에어리어51에서 진행된 실험이 지구 곳곳에 던전을 생성시켰다. 다양한 배경을 가진 사람들은 지금 이 순간에도 위험한 미로 속을 탐험하며 보물, 힘, 마법을 찾아다닌다. 모험에 관심이 없는 평범한 회사원 요시무라 키고는 단순한 삶을 살기 위해 직장을 그만두는 것을 꿈꾼다. 업무 차출 중 발견된 새로운 던전에서 그는 의도치 않게 던전 탐험을 RPG처럼 경험하게 만드는 마법 능력을 얻게 된다. 상황은 점점 악화되며, 키고는 세계 최고의 탐험가가 되어간다. 수학 능력이 뛰어난 동료이자 던전 탐험가인 미요시 아즈사를 동료로 삼아, 그는 만난 상태창을 통해 이익을 얻으려 한다. 하지만 그의 갑작스러운 성공은 군부, 정부, 그리고 다른 위험한 세력들의 주목을 받게 되고, 조용한 삶을 꿈꾸던 그의 소망은 점점 더 멀어져간다.