13. Bölüm: Mitsuhiro, Japonya'nın yıkımını ve Festum soykırımını açıklarken Hester yeni bir silah ortaya çıkarır.
4 Ekim 2004 tarihinde yayınlandı

Mitsuhiro Bertrand, Japonya'nın otuz yıl önce çekirdekten sızan toksinler nedeniyle yok edildiğini, bunun sonucunda kısırlığın yayıldığını ve Festum soykırımının başladığını belirtir. Alvis üssünde yapılan genetik manipülasyon sayesinde çocuklar bağışık hale gelmiştir. Hester, Festum'ları yenmeye yarayan yeni bir silah olduğunu iddia ederek Fafner Mark Elf'i sergiler. Beş yıl önce Neo BM filosu için silah geliştirmek amacıyla adadan ayrılan Yoji Hino, Kazuki'ye bir görev teklif eder. Grendel Tipi Festum'ların Moldova'ya saldırması üzerine Kazuki karşı saldırıya geçer. Bu olay zinciri, tarihsel yıkım ile mevcut askeri gelişmeleri ve kişisel ittifakları birleştirerek yabancı tehdide karşı artan çatışmayı yansıtır.
Bölümler
- 9. Bölüm · Koyo, bir Festum tarafından saldırıya uğrayarak denize sürüklenirken ebeveynleri adadan kovulur.
- 10. Bölüm · Kazuki, Soushi'nin yaralanmasına neden olduğunu hatırlar; Hiroto isyan ederken Maya ziyarete gelir ve Kazuki kristal büyümesini gösterir.
- 11. Bölüm · Kazuki ve Yukie, Mark Elf ile adadan ayrılıp Neo UN güçleri tarafından yakalandıkları bir şehre varır.
- 12. Bölüm · Mamoru ve diğerleri Festum'a karşı Fafnerleri kullanırken Kazuki hapsedilir ve Soushi'nin gizli duyguları ortaya çıkar.
- 13. Bölüm · Mitsuhiro, Japonya'nın yıkımını ve Festum soykırımını açıklarken Hester yeni bir silah ortaya çıkarır.
- 14. Bölüm · Maya ve Kyouhei, Neo Birleşmiş Milletlerler Festum çekirdeği için Alvis üssünü işgal ederken Kazuki'yi kurtarır.
- 15. Bölüm · Kazuki, geçmiş travmaları ve kristal implantları hakkında düşünürken lav içinde Idun ile yüzleşir.
- 16. Bölüm · Neo BMH filosunun Alvis üssünü güvence altına alması ve Seri ile Tsubaki'nin Festum saldırısı öncesi yeniden buluşması.
- 17. Bölüm · Maya verileri paylaşırken Kyouhei Yoki'nin fedakarlığını bildirir, Tsubaki'nin kimliği ortaya çıkar ve Canon Fenrir Sistemini tetikler.