Tập 13: Mitsuhiro giải thích sự hủy diệt của Nhật Bản và nạn diệt chủng Festum trong khi Hester ra mắt một vũ khí mới.
Phát sóng ngày 4 tháng 10, 2004

Mitsuhiro Bertrand cho biết Nhật Bản đã bị hủy diệt ba mươi năm trước bởi các chất độc từ lõi, gây ra vô sinh và đánh dấu sự khởi đầu của nạn diệt chủng Festum. Tại căn cứ Alvis, việc thao túng gen đã cho phép trẻ em trở nên miễn nhiễm. Hester lừa dối tuyên bố về một vũ khí mới có khả năng đánh bại Festum, trưng ra Fafner Mark Elf. Yoji Hino, người đã rời khỏi hòn đảo năm năm trước để tạo ra vũ khí cho hạm đội Neo UN, đề nghị Kazuki một vị trí nhân viên. Các Grendel Type Festum xâm lược Moldova, buộc Kazuki phải phản công. Trình tự này kết nối sự tàn phá lịch sử với các phát triển quân sự hiện tại và các liên minh cá nhân khi xung đột leo thang chống lại mối đe dọa ngoài hành tinh.
Số tập
- Tập 9 · Koyo bị Festum tấn công và bị kéo xuống biển trong khi cha mẹ anh bị trục xuất.
- Tập 10 · Kazuki nhớ lại việc gây thương tích cho Soushi trong khi Hiroto nổi loạn trước khi Maya ghé thăm và Kazuki thể hiện sự phát triển của tinh thể.
- Tập 11 · Kazuki và Yukie rời đảo cùng Mark Elf, đến một thành phố nơi họ đối mặt với Festum và bị lực lượng Neo UN bắt giữ.
- Tập 12 · Mamoru và những người khác điều khiển Fafners chống lại Festum trong khi Kazuki đối mặt với sự giam cầm và những cảm xúc giấu kín của Soushi trỗi dậy.
- Tập 13 · Mitsuhiro giải thích sự hủy diệt của Nhật Bản và nạn diệt chủng Festum trong khi Hester ra mắt một vũ khí mới.
- Tập 14 · Maya và Kyouhei giải cứu Kazuki trong khi Neo UN xâm nhập căn cứ Alvis để lấy lõi Festum.
- Tập 15 · Kazuki đối đầu với Idun trong hố dung nham, đồng thời suy ngẫm về chấn thương quá khứ và các cấy ghép tinh thể.
- Tập 16 · Hạm đội Liên Hợp Quốc Neo chiếm giữ căn cứ Alvis trong khi Seri và Tsubaki đoàn tụ trước cuộc tấn công của Festum.
- Tập 17 · Maya chia sẻ dữ liệu khi Kyouhei báo cáo sự hy sinh của Yoki, danh tính của Tsubaki được tiết lộ và Canon kích hoạt Hệ thống Fenrir.