Ep. 13: Mitsuhiro menjelaskan kehancuran Jepang dan genosida Festum sementara Hester memperkenalkan senjata baru.
Tayang pada 4 Oktober 2004

Mitsuhiro Bertrand menyatakan bahwa Jepang hancur tiga puluh tahun lalu akibat racun dari inti, yang menyebabkan infertilitas dan menandai dimulainya genosida Festum. Di basis Alvis, manipulasi gen memungkinkan anak-anak menjadi kebal. Hester secara menipu mengumumkan senjata baru yang mampu mengalahkan Festum, dengan menampilkan Fafner Mark Elf. Yoji Hino, yang meninggalkan pulau lima tahun lalu untuk membuat senjata bagi armada Neo UN, menawarkan posisi staf kepada Kazuki. Grendel Type Festum menyerang Moldova, memicu Kazuki untuk melawan balik. Urutan ini menghubungkan kehancuran historis dengan perkembangan militer saat ini dan aliansi pribadi seiring eskalasi konflik melawan ancaman asing.
Episode
- Ep. 9 · Koyo diserang Festum dan terseret ke laut saat orang tuanya diasingkan.
- Ep. 10 · Kazuki mengingat telah melukai Soushi sementara Hiroto memberontak sebelum Maya berkunjung dan Kazuki menunjukkan pertumbuhan kristal.
- Ep. 11 · Kazuki dan Yukie meninggalkan pulau dengan Mark Elf, tiba di kota di mana mereka menghadapi Festum dan ditangkap oleh pasukan Neo UN.
- Ep. 12 · Mamoru dan lainnya mengemudikan Fafner melawan Festum sementara Kazuki menghadapi penahanan dan perasaan tersembunyi Soushi muncul.
- Ep. 13 · Mitsuhiro menjelaskan kehancuran Jepang dan genosida Festum sementara Hester memperkenalkan senjata baru.
- Ep. 14 · Maya dan Kyouhei menyelamatkan Kazuki saat Neo UN menyerang basis Alvis untuk inti Festum.
- Ep. 15 · Kazuki menghadapi Idun di kawah lava sambil merenungkan trauma masa lalu dan implan kristalnya.
- Ep. 16 · Armada Neo PBB mengamankan basis Alvis sementara Seri dan Tsubaki bertemu kembali sebelum serangan Festum.
- Ep. 17 · Maya membagikan data saat Kyouhei melaporkan pengorbanan Yoki, identitas Tsubaki terungkap, dan Canon mengaktifkan Sistem Fenrir.