Ep. 13: Mitsuhiro explica a destruição do Japão e o genocídio dos Festum enquanto Hester revela uma nova arma.
Exibido em 4 de outubro de 2004

Mitsuhiro Bertrand afirma que o Japão foi destruído há trinta anos por toxinas do núcleo, causando infertilidade e marcando o início do genocídio dos Festum. Na base Alvis, a manipulação genética permitiu que as crianças se tornassem imunes. Hester anuncia enganosamente uma nova arma capaz de derrotar os Festum, exibindo o Fafner Mark Elf. Yoji Hino, que deixou a ilha há cinco anos para criar armas para a frota da Neo UN, oferece a Kazuki um cargo de staff. Os Grendel Type Festum invadem o Moldova, levando Kazuki a lutar de volta. Esta sequência conecta a devastação histórica com os desenvolvimentos militares atuais e as alianças pessoais, à medida que o conflito se intensifica contra a ameaça alienígena.
Episódios
- Ep. 9 · Koyo é atacado por um Festum e arrastado para o oceano enquanto seus pais são banidos.
- Ep. 10 · Kazuki lembra de causar a lesão de Soushi enquanto Hiroto se rebela antes de Maya visitar e Kazuki mostrar o crescimento de cristais.
- Ep. 11 · Kazuki e Yukie partem da ilha com o Mark Elf, chegando a uma cidade onde enfrentam Festum e são capturados pelas forças da Neo UN.
- Ep. 12 · Mamoru e outros pilotam Fafners contra Festum enquanto Kazuki enfrenta confinamento e os sentimentos ocultos de Soushi emergem.
- Ep. 13 · Mitsuhiro explica a destruição do Japão e o genocídio dos Festum enquanto Hester revela uma nova arma.
- Ep. 14 · Maya e Kyouhei resgatam Kazuki enquanto a Neo UN invade a base de Alvis pelo núcleo do Festum.
- Ep. 15 · Kazuki confronta Idun em uma cratera de lava enquanto reflete sobre seu trauma passado e implantes de cristal.
- Ep. 16 · Frota da ONU Neo garante a base de Alvis enquanto Seri e Tsubaki se reencontram antes de um ataque Festum.
- Ep. 17 · Maya compartilha dados enquanto Kyouhei relata o sacrifício de Yoki, a identidade de Tsubaki é revelada e Canon ativa o Sistema Fenrir.