第13話: 日本滅亡とフェストム虐殺の真相を明かす三尋と、新兵器を披露するヘスター
2004年10月4日 放送

三尋ベルトランは、30年前にコア由来の毒素により日本が滅亡し不妊症が蔓延、フェストム虐殺の始まりとなったと語る。アルビス基地では遺伝子操作により子供たちが免疫を獲得していた。ヘスターはフェストムを撃破可能な新兵器としてファフナーマークエルフを披露し、5年前にネオUN艦隊の兵器開発のために島を去った日野洋二はカズキに幹部職を提示する。グレンデルタイプフェストムがモルドバを襲撃し、カズキが反撃に転じる。この展開は歴史的惨禍と現在の軍事動向、そして個人的な同盟を結びつけ、異星脅威に対する衝突が激化していく。
話数
- 第9話 · 父母を追放され、コヨウがフェストゥムに襲われ海へ引きずり込まれる
- 第10話 · 下志の怪我の原因を思い出す和樹、反抗する広人、マヤの訪問と和樹の結晶成長
- 第11話 · 真壁一騎と由紀江はマークエルフと共に島を離れ、フェストムとネオUN軍に襲われ捕らえられる街へ到着する
- 第12話 · マモル他、ファフナーでフェストムと戦う中、カズキは収容され、ソウシの隠れた感情が浮上する
- 第13話 · 日本滅亡とフェストム虐殺の真相を明かす三尋と、新兵器を披露するヘスター
- 第14話 · Neo UNがAlvis基地に侵攻し、Festumのコアを狙う中、MayaとKyouheiがKazukiを救出する
- 第15話 · カズキがラバの穴でイドゥンと対峙し、過去のトラウマとクリスタルインプラントを振り返る
- 第16話 · ネオUN艦隊がアルビス基地を確保、フェストム襲撃前にセリと椿が再会
- 第17話 · マヤがデータを共有し、京平がヨキの犠牲を報告する一方、椿の正体が明かされ、カノンがフェンリル・システムを起動する