Tsuki wa Higashi ni Hi wa Nishi ni: Operation Sanctuary

Naoki Kuzumi, ein Schüler der zwölften Klasse, lebt bei seiner Tante, ihrem Mann und seiner Cousine, nachdem er seine Eltern in einem Unfall verloren hat. Er hält sein Leben für normal, abgesehen davon, dass er sich an seine frühesten Jahre nicht erinnern kann. Eines Tages trifft er beim Schlafen auf einer Bank auf ein rothaariges Mädchen namens Mikoto, die auf ihn fällt. Sie glaubt fälschlicherweise, er sei ihr jüngerer Bruder. In der Zeit, in der Naoki lebt, dienen viele als Zufluchtsort für Menschen aus der Zukunft, bei denen viele an einer unheilbaren Krankheit leiden. Mikoto ist in die Vergangenheit gereist, nachdem sie erfahren hat, dass ihr Bruder in diese Zeit geschickt wurde.