Tsuki wa Higashi ni Hi wa Nishi ni: Operation Sanctuary

高校三年生のナオキ・クズミは、事故で両親を失った後、叔母、叔父、いとこと一緒に暮らしています。彼は自分の生活が普通であると信じていますが、幼少期の記憶がないことだけが例外です。ある日、ベンチで昼寝をしていると、赤髪の少女ミコトが彼の上に降りてきます。ミコトは彼を自分の弟だと誤って信じています。ナオキがいる時代は、未来からの人々にとって避難場所となっており、多くの人々が治せない病気に苦しんでいます。ミコトは、弟がこの時代に送られたことを知り、タイムトラベルしてきました。