Tsuki wa Higashi ni Hi wa Nishi ni: Operation Sanctuary

Naoki Kuzumi, un lycéen de seconde, vit avec sa tante, son oncle et son cousin depuis que ses parents ont péri dans un accident. Il pense que sa vie est normale, à l'exception de ne pas se souvenir de ses premières années. Un jour, alors qu'il fait une sieste sur un banc, une fille rousse nommée Mikoto atterrit sur lui. Elle croit à tort qu'il est son frère cadet. L'époque de Naoki sert de refuge pour des personnes venues du futur, où beaucoup souffrent d'une maladie incurable. Mikoto est revenue en arrière dans le temps après avoir appris que son frère avait été envoyé à cette époque.