Tsuki wa Higashi ni Hi wa Nishi ni: Operation Sanctuary

고등학교 2학년인 쿠즈미 나오키는 부모님을 사고로 잃은 후 삼촌과 여동생, 그리고 사촌과 함께 지낸다. 그는 자신의 삶이 정상이라고 믿고 있으며, 어린 시절의 기억을 가지고 있지 못하다는 점을 제외하면 특별히 다른 점이 없다. 어느 날, 그는 벤치에서 낮잠을 자고 있는데 붉은 머리카락을 가진 소녀 미코토가 그에게 떨어진다. 미코토는 그를 실수로 동생이라고 생각한다. 나오키가 사는 시대는 미래에서 온 사람들이 피신하는 곳으로, 많은 사람들이 치료가 불가능한 질병에 시달리고 있다. 미코토는 동생이 이 시대로 보내졌다는 사실을 알게 되어 시간 여행을 하여 이 시대로 왔다.