Ep. 11: Kazuki e Yukie lasciano l'isola con il Mark Elf, arrivando in una città dove affrontano i Festum e vengono catturati dalle forze del Neo UN.

Kazuki e Yukie abbandonano l'isola remota a bordo del Fafner Mark Elf, raggiungendo un'area urbana in rovina. Mentre Fumihiko e Kyouhei si chiedono del loro improvviso addio, la coppia monta un campo e viene attaccata da un Festum. I piloti Michio Hino e Canon Memphis arrivano con i loro Fafner per distruggere il nemico, ma poi disabilitano l'unità di Kazuki e portano entrambi i prigionieri alla flotta del Neo UN, che ora detiene il Mark Elf. Nel frattempo, Soushi informa Maya che Kazuki intendeva fuggire dall'isola, una pretesa che lei contesta. L'episodio descrive la transizione dall'isola alla flotta, evidenziando il conflitto tra i nuovi piloti e i protagonisti, esplorando al contempo le diverse prospettive di Soushi e Maya riguardo alle motivazioni di Kazuki per partire.
Episodi
- Ep. 7 · Koyo piange Shoko mentre Sakura considera la morte come valore durante l'addestramento a paintball e i cambiamenti cromosomici.
- Ep. 8 · Il team esplora l'isola mentre Maya cura il personale ferito e Koyo emerge da un nucleo rosso.
- Ep. 9 · Koyo viene attaccato da un Festum e trascinato in mare mentre i suoi genitori vengono esiliati.
- Ep. 10 · Kazuki ricorda di aver causato la ferita di Soushi mentre Hiroto si ribella prima che Maya visiti e Kazuki mostri la crescita dei cristalli.
- Ep. 11 · Kazuki e Yukie lasciano l'isola con il Mark Elf, arrivando in una città dove affrontano i Festum e vengono catturati dalle forze del Neo UN.
- Ep. 12 · Mamoru e gli altri pilotano i Fafner contro i Festum mentre Kazuki affronta la reclusione e i sentimenti nascosti di Soushi emergono.
- Ep. 13 · Mitsuhiro spiega la distruzione del Giappone e il genocidio dei Festum mentre Hester svela una nuova arma.
- Ep. 14 · Maya e Kyouhei salvano Kazuki mentre la Neo UN invade la base di Alvis per il nucleo Festum.
- Ep. 15 · Kazuki affronta Idun in un lago di lava mentre riflette sui suoi traumi passati e sugli impianti di cristallo.