Ep. 12: Mamoru e gli altri pilotano i Fafner contro i Festum mentre Kazuki affronta la reclusione e i sentimenti nascosti di Soushi emergono.

Mamoru Kodate, Kenji Kondo e Sakura Kaname vengono selezionati come candidati per pilotare i Fafner. Nel frattempo, Kazuki e Yukie mettono in discussione le ragioni della loro imprigionazione. Con l'avvicinarsi di un nuovo Festum, questi nuovi piloti vengono messi alla prova per sconfiggerlo. Mamoru elabora un piano che ignora gli ordini specifici di Soushi. I tre collaborano con successo per sconfiggere il Festum ma vengono successivamente rinchiusi per aver agito di propria iniziativa. Nel frattempo, Soushi apprende da Fumihiko che Kazuki si nega quotidianamente, evitando qualsiasi assimilazione. Maya si rende conto che Soushi prova sentimenti per Kazuki. Michio porta Kazuki sul ponte della nave, dove incontrano anche Canon, prima di arrivare alla base di Moldova.
Episodi
- Ep. 8 · Il team esplora l'isola mentre Maya cura il personale ferito e Koyo emerge da un nucleo rosso.
- Ep. 9 · Koyo viene attaccato da un Festum e trascinato in mare mentre i suoi genitori vengono esiliati.
- Ep. 10 · Kazuki ricorda di aver causato la ferita di Soushi mentre Hiroto si ribella prima che Maya visiti e Kazuki mostri la crescita dei cristalli.
- Ep. 11 · Kazuki e Yukie lasciano l'isola con il Mark Elf, arrivando in una città dove affrontano i Festum e vengono catturati dalle forze del Neo UN.
- Ep. 12 · Mamoru e gli altri pilotano i Fafner contro i Festum mentre Kazuki affronta la reclusione e i sentimenti nascosti di Soushi emergono.
- Ep. 13 · Mitsuhiro spiega la distruzione del Giappone e il genocidio dei Festum mentre Hester svela una nuova arma.
- Ep. 14 · Maya e Kyouhei salvano Kazuki mentre la Neo UN invade la base di Alvis per il nucleo Festum.
- Ep. 15 · Kazuki affronta Idun in un lago di lava mentre riflette sui suoi traumi passati e sugli impianti di cristallo.
- Ep. 16 · La flotta della Neo UN assicura la base di Alvis mentre Seri e Tsubaki si riuniscono prima di un attacco dei Festum.