11화: Mark Elf를 타고 섬을 떠난 Kazuki와 Yukie, 도시에서 Festum과 Neo UN군대에 맞서다

Kazuki와 Yukie는 외딴 섬을 떠나 Fafner Mark Elf를 타고 황폐화된 도시 지역에 도착한다. 갑작스러운 이탈에 대해 의아해하는 Fumihiko와 Kyouhei 사이에서 두 사람은 야영 중 Festum의 공격을 받는다. Michio Hino와 Canon Memphis가 조종하는 Fafner가 적을 처치하려 하지만, 오히려 Kazuki의 기체를 무력화하고 두 사람을 납치하여 Mark Elf를 확보한 Neo UN 함대로 데려간다. 한편 Soushi는 Kazuki가 섬을 탈출하려 했다고 Maya에게 알리지만, 그녀는 이를 부정한다. 이 에피소드는 섬에서 함대로의 이동 과정을 상세히 다루며, 새로운 파일럿들과 주인공들 간의 갈등을 부각하고, Kazuki의 탈출 동기에 대한 Soushi와 Maya의 서로 다른 시각을 탐구한다.

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