Ep. 11: Kazuki dan Yukie meninggalkan pulau dengan Mark Elf, tiba di kota di mana mereka menghadapi Festum dan ditangkap oleh pasukan Neo UN.

Kazuki dan Yukie meninggalkan pulau terpencil tersebut dengan menaiki Fafner Mark Elf, mencapai kawasan perkotaan yang rusak. Sementara Fumihiko dan Kyouhei bertanya-tanya tentang kepergian mendadak mereka, pasangan tersebut mendirikan kemah dan diserang oleh Festum. Pemandu Michio Hino dan Canon Memphis tiba dengan Fafner mereka untuk menghancurkan musuh, namun kemudian menonaktifkan unit Kazuki dan membawa keduanya sebagai tawanan ke armada Neo UN, yang kini memegang Mark Elf. Sementara itu, Soushi memberi tahu Maya bahwa Kazuki berniat melarikan diri dari pulau, sebuah klaim yang ia sanggah. Episode ini merinci transisi dari pulau ke armada, menyoroti konflik antara para pemandu baru dan protagonis, sambil mengeksplorasi perspektif Soushi dan Maya yang berbeda mengenai motivasi Kazuki untuk pergi.
Episode
- Ep. 7 · Koyo berduka atas Shoko sementara Sakura memandang kematian sebagai keberanian selama pelatihan paintball dan perubahan kromosom.
- Ep. 8 · Tim menjelajahi pulau itu sementara Maya merawat personel yang terluka dan Koyo muncul dari inti merah.
- Ep. 9 · Koyo diserang Festum dan terseret ke laut saat orang tuanya diasingkan.
- Ep. 10 · Kazuki mengingat telah melukai Soushi sementara Hiroto memberontak sebelum Maya berkunjung dan Kazuki menunjukkan pertumbuhan kristal.
- Ep. 11 · Kazuki dan Yukie meninggalkan pulau dengan Mark Elf, tiba di kota di mana mereka menghadapi Festum dan ditangkap oleh pasukan Neo UN.
- Ep. 12 · Mamoru dan lainnya mengemudikan Fafner melawan Festum sementara Kazuki menghadapi penahanan dan perasaan tersembunyi Soushi muncul.
- Ep. 13 · Mitsuhiro menjelaskan kehancuran Jepang dan genosida Festum sementara Hester memperkenalkan senjata baru.
- Ep. 14 · Maya dan Kyouhei menyelamatkan Kazuki saat Neo UN menyerang basis Alvis untuk inti Festum.
- Ep. 15 · Kazuki menghadapi Idun di kawah lava sambil merenungkan trauma masa lalu dan implan kristalnya.