Ep. 11: Kazuki e Yukie partem da ilha com o Mark Elf, chegando a uma cidade onde enfrentam Festum e são capturados pelas forças da Neo UN.
Kazuki e Yukie deixam a ilha remota a bordo do Fafner Mark Elf, alcançando uma área urbana em ruínas. Enquanto Fumihiko e Kyouhei se perguntam sobre a saída repentina do casal, eles montam acampamento e são atacados por um Festum. Os pilotos Michio Hino e Canon Memphis chegam em seus Fafners para destruir o inimigo, mas então desativam a unidade de Kazuki e levam ambos os cativos para a frota da Neo UN, que agora detém o Mark Elf. Enquanto isso, Soushi informa Maya que Kazuki pretendia fugir da ilha, uma afirmação que ela contesta. O episódio detalha a transição da ilha para a frota, destacando o conflito entre os novos pilotos e os protagonistas, enquanto explora as diferentes perspectivas de Soushi e Maya sobre as motivações de Kazuki para partir.
Episódios
- Ep. 7 · Koyo lamenta Shoko enquanto Sakura vê a morte como valor durante o treinamento de paintball e mudanças cromossômicas.
- Ep. 8 · A equipe explora a ilha enquanto Maya trata os feridos e Koyo emerge de um núcleo vermelho.
- Ep. 9 · Koyo é atacado por um Festum e arrastado para o oceano enquanto seus pais são banidos.
- Ep. 10 · Kazuki lembra de causar a lesão de Soushi enquanto Hiroto se rebela antes de Maya visitar e Kazuki mostrar o crescimento de cristais.
- Ep. 11 · Kazuki e Yukie partem da ilha com o Mark Elf, chegando a uma cidade onde enfrentam Festum e são capturados pelas forças da Neo UN.
- Ep. 12 · Mamoru e outros pilotam Fafners contra Festum enquanto Kazuki enfrenta confinamento e os sentimentos ocultos de Soushi emergem.
- Ep. 13 · Mitsuhiro explica a destruição do Japão e o genocídio dos Festum enquanto Hester revela uma nova arma.
- Ep. 14 · Maya e Kyouhei resgatam Kazuki enquanto a Neo UN invade a base de Alvis pelo núcleo do Festum.
- Ep. 15 · Kazuki confronta Idun em uma cratera de lava enquanto reflete sobre seu trauma passado e implantes de cristal.