Tập 11: Kazuki và Yukie rời đảo cùng Mark Elf, đến một thành phố nơi họ đối mặt với Festum và bị lực lượng Neo UN bắt giữ.
Kazuki và Yukie rời hòn đảo xa xôi trên chiếc Fafner Mark Elf, đến một khu vực đô thị xuống cấp. Trong khi Fumihiko và Kyouhei băn khoăn về việc họ đột ngột rời đi, cặp đôi cắm trại và bị một Festum tấn công. Các phi công Michio Hino và Canon Memphis xuất hiện trên những chiếc Fafner của họ để tiêu diệt kẻ thù, nhưng sau đó vô hiệu hóa đơn vị của Kazuki và bắt cả hai làm tù nhân đến hạm đội Neo UN, nơi hiện đang giữ Mark Elf. Trong khi đó, Soushi thông báo với Maya rằng Kazuki dự định bỏ trốn khỏi đảo, một tuyên bố mà cô bác bỏ. Tập phim chi tiết hóa quá trình chuyển tiếp từ đảo đến hạm đội, làm nổi bật xung đột giữa các phi công mới và nhân vật chính, đồng thời khám phá những quan điểm khác nhau của Soushi và Maya về động cơ rời đi của Kazuki.
Số tập
- Tập 7 · Koyo thương tiếc Shoko trong khi Sakura xem cái chết là dũng cảm trong buổi tập bắn sơn và sự thay đổi nhiễm sắc thể.
- Tập 8 · Đội khám phá hòn đảo trong khi Maya điều trị cho nhân viên bị thương và Koyo xuất hiện từ lõi đỏ.
- Tập 9 · Koyo bị Festum tấn công và bị kéo xuống biển trong khi cha mẹ anh bị trục xuất.
- Tập 10 · Kazuki nhớ lại việc gây thương tích cho Soushi trong khi Hiroto nổi loạn trước khi Maya ghé thăm và Kazuki thể hiện sự phát triển của tinh thể.
- Tập 11 · Kazuki và Yukie rời đảo cùng Mark Elf, đến một thành phố nơi họ đối mặt với Festum và bị lực lượng Neo UN bắt giữ.
- Tập 12 · Mamoru và những người khác điều khiển Fafners chống lại Festum trong khi Kazuki đối mặt với sự giam cầm và những cảm xúc giấu kín của Soushi trỗi dậy.
- Tập 13 · Mitsuhiro giải thích sự hủy diệt của Nhật Bản và nạn diệt chủng Festum trong khi Hester ra mắt một vũ khí mới.
- Tập 14 · Maya và Kyouhei giải cứu Kazuki trong khi Neo UN xâm nhập căn cứ Alvis để lấy lõi Festum.
- Tập 15 · Kazuki đối đầu với Idun trong hố dung nham, đồng thời suy ngẫm về chấn thương quá khứ và các cấy ghép tinh thể.