Pocket Monsters: Mewtwo! Ware wa Koko ni Ari

チーム・ロケットのリーダーであるゴドーが、ジョウト地方の僻遠な場所でミュウツーを発見し、再び捕らえようとする。その頃、ピカチュウをジエスとジェームズから救おうとしたアッシュとその仲間たちは、チーム・ロケットの新人ドミノに人質に取られてしまう。また、複数のクローンポケモンも捕らえられ、ミュウツーを引き寄せるための餌として使われる。こうしてゴドーとミュウツーの間で、支配と目的に関する対立が激化していく。一方ミュウツーは、自分自身とクローンたちが科学によって作られた存在であるにもかかわらず、本当に意味ある役割を果たしているのかを理解しようと試みる。