Pocket Monsters: Mewtwo! Ware wa Koko ni Ari

Giovanni, Team Rocket lideri olarak, Johto bölgesinde sadece birkaç kişinin bildiği bir alanda Mewtwo'yu bulur ve tekrar ele geçirmeye çalışır. Bu sırada Ash ve arkadaşları, Pikachu'yu Jessie ve James'ten kurtarmaya çalışırken yeni bir Team Rocket üyesi olan Domino tarafından rehinaya alınır. Ayrıca birkaç klonlanmış Pokémon da yakalanır ve Mewtwo'yu cezbedecek şekilde kullanılır. Çatışma, Giovanni ile Mewtwo arasında kontrol ve amacın ne olduğu konusunda bir mücadele haline gelir. Mewtwo aynı zamanda, bilimsel yollarla yaratılmış olmalarına rağmen kendisi ve klonlar için bir anlam ve amaç olup olmadığını anlamaya çalışır.