Pocket Monsters: Mewtwo! Ware wa Koko ni Ari

Giovanni, chef de Team Rocket, retrouve Mewtwo dans une partie reculée de la région de Johto et tente de le recapturer. Pendant ce temps, Ash et ses compagnons sont faits prisonniers par Domino, un nouveau recrue de Team Rocket, alors qu'ils tentent de sauver Pikachu des mains de Jessie et James. Plusieurs Pokémon clonés sont également capturés et utilisés comme appâts pour attirer Mewtwo. Le conflit évolue vers un affrontement entre Giovanni et Mewtwo, tournant autour des thèmes du contrôle et de l'objectif. Mewtwo cherche également à comprendre s'il et les clones ont un rôle significatif, malgré leur création scientifique.