Pocket Monsters: Mewtwo! Ware wa Koko ni Ari

Giovanni, thủ lĩnh của Tổ chức Rocket, tìm thấy Mewtwo tại một khu vực hẻo lánh của vùng Johto và cố gắng bắt lại nó. Trong lúc đó, Ash cùng các bạn bị Domino, một tân binh của Tổ chức Rocket, bắt giữ khi đang cố cứu Pikachu khỏi tay Jessie và James. Nhiều Pokémon được nhân giống cũng bị bắt và dùng làm mồi nhử để dụ Mewtwo. Cuộc xung đột nhanh chóng trở thành cuộc đối đầu giữa Giovanni và Mewtwo, xoay quanh vấn đề kiểm soát và mục đích tồn tại. Mewtwo cũng đang tìm kiếm câu trả lời liệu bản thân và các bản sao có vai trò ý nghĩa nào đó hay không, bất chấp việc chúng được tạo ra bằng phương pháp khoa học.