Pocket Monsters: Mewtwo! Ware wa Koko ni Ari

팀 로켓의 지도자인 고흐오가 조호트 지역의 한적한 곳에서 메타몽을 발견하고 다시금 포획하려 한다. 이때 애шу와 동료들은 피카추를 제시와 제임스로부터 구하려다 팀 로켓의 신입원 돔ино에게 인질이 되어버린다. 과학적으로 만들어진 여러 복제 포켓몬들도 미끼로 포획되어 메타몽을 유인한다. 고흐오와 메타몽 사이의 갈등은 통제와 목적에 대한 문제로 고조되는데, 메타몽은 자신과 복제 포켓몬들이 과학적 창조물임에도 불구하고 진정한 의미 있는 역할을 할 수 있는지에 대한 답을 찾으려 한다.