第9話: 父母を追放され、コヨウがフェストゥムに襲われ海へ引きずり込まれる
2004年9月6日 放送
コヨウはフェストゥムに突然襲われ、マヤと京平を乗せた潜水艦を明け渡した後、海へ引きずり込まれる。桜は島が破壊される直前にコヨウのファフナーからコクピットを回収する。コヨウが大幅な記憶喪失に陥っていることが明らかになり、他の子供たちは彼の中枢神経系が同化されていることを発見する。一方、コヨウの父母は使い物にならなくなった子供を育てることに苦しみ、島から追放される。
話数
- 第5話 · フェスチュームによる接近中の艦隊と島への攻撃、ヘスター・ガロップによるファフナー マーク セクスの要求
- 第6話 · Festum 破壊のため自爆する Shoko 、 Kazuki が最初の脅威に対処する
- 第7話 · 紅葉は翔子を追悼し、桜はペイントボール訓練中に死を勇気と見なす一方、染色体の変化が起きる
- 第8話 · チームが島を探索し、マヤが負傷者を治療し、コヨウが赤いコアから現れる
- 第9話 · 父母を追放され、コヨウがフェストゥムに襲われ海へ引きずり込まれる
- 第10話 · 下志の怪我の原因を思い出す和樹、反抗する広人、マヤの訪問と和樹の結晶成長
- 第11話 · 真壁一騎と由紀江はマークエルフと共に島を離れ、フェストムとネオUN軍に襲われ捕らえられる街へ到着する
- 第12話 · マモル他、ファフナーでフェストムと戦う中、カズキは収容され、ソウシの隠れた感情が浮上する
- 第13話 · 日本滅亡とフェストム虐殺の真相を明かす三尋と、新兵器を披露するヘスター