第 5 集: Hester Gallop 要求移交 Fafner Mark Sechs，Festum 襲擊逼近的艦隊與島嶼
2004年8月2日 播出
Neo UN 秘書長 Hester Gallop 要求 Alvis 基地將 Fafner Mark Sechs 透過潛艇移交給 Neo UN 艦隊。Shoko 因貧血暈倒，Koyo Kasugai 前往護理室探望，Kazuki 和 Maya 隨後趕到。隨著 Neo UN 艦隊接近島嶼，突然遭到 Festum 襲擊。Kazuki 準備迎戰敵人，同時保護艦隊。另一隻 Festum 突破島嶼防線，開始攻擊駕駛員。
集數
- 第 1 集 · 上學前瑪雅探望病中的翔子，而宗司自東京歸來，Festum威脅隨即浮現。
- 第 2 集 · 和月獲得軌道砲以擊敗Festum，並決定成為駕駛員。
- 第 3 集 · 深作與東美博士在父母的絕望與幽靈謎團中篩選法夫納飛行員培訓人選
- 第 4 集 · 島嶼移動期間，Kazuki違抗命令營救遭Festum追擊的飛機
- 第 5 集 · Hester Gallop 要求移交 Fafner Mark Sechs，Festum 襲擊逼近的艦隊與島嶼
- 第 6 集 · Shoko 犧牲自我摧毀 Festum，Kazuki 應對首波威脅
- 第 7 集 · 紅葉哀悼翔子，櫻在彩彈訓練中視死亡為勇氣，染色體發生變化。
- 第 8 集 · 小隊探索島嶼，Maya 救治傷員，Koyo 自紅色核心現身
- 第 9 集 · Koyo遭Festum襲擊並被拖入海中，其父母遭驅逐。