第 4 集: 島嶼移動期間，Kazuki違抗命令營救遭Festum追擊的飛機
2004年7月26日 播出
Kazuki無視禁止介入的明確指令，營救遭Festum追擊的搜救飛機。隨著島嶼位置發生變動，該飛機目睹了持續進行的戰鬥。為防止進一步損壞，島嶼關閉了偽裝系統。一名女性核心將Fafner從沉入海洋中救出，同時將Festum困住，使Kazuki得以擊落該外星實體。由於島嶼的真面目已暴露，搜救飛機向總部發回了報告。
集數
- 第 1 集 · 上學前瑪雅探望病中的翔子，而宗司自東京歸來，Festum威脅隨即浮現。
- 第 2 集 · 和月獲得軌道砲以擊敗Festum，並決定成為駕駛員。
- 第 3 集 · 深作與東美博士在父母的絕望與幽靈謎團中篩選法夫納飛行員培訓人選
- 第 4 集 · 島嶼移動期間，Kazuki違抗命令營救遭Festum追擊的飛機
- 第 5 集 · Hester Gallop 要求移交 Fafner Mark Sechs，Festum 襲擊逼近的艦隊與島嶼
- 第 6 集 · Shoko 犧牲自我摧毀 Festum，Kazuki 應對首波威脅
- 第 7 集 · 紅葉哀悼翔子，櫻在彩彈訓練中視死亡為勇氣，染色體發生變化。
- 第 8 集 · 小隊探索島嶼，Maya 救治傷員，Koyo 自紅色核心現身