第 9 集: Koyo遭Festum襲擊並被拖入海中，其父母遭驅逐。
2004年9月6日 播出
Koyo突遭Festum襲擊，被迫交出搭載Maya與Kyouhei的潛艇，隨後被拖入海中。Sakura在島嶼毀滅之際，從Koyo的Fafner中取出駕駛艙。Koyo顯然失去了大量記憶，其他孩子發現他的中樞神經系統已被同化。與此同時，Koyo的父母因撫養一個他們視為無用之子的孩子而痛苦不堪，最終遭到島嶼驅逐。
集數
- 第 5 集 · Hester Gallop 要求移交 Fafner Mark Sechs，Festum 襲擊逼近的艦隊與島嶼
- 第 6 集 · Shoko 犧牲自我摧毀 Festum，Kazuki 應對首波威脅
- 第 7 集 · 紅葉哀悼翔子，櫻在彩彈訓練中視死亡為勇氣，染色體發生變化。
- 第 8 集 · 小隊探索島嶼，Maya 救治傷員，Koyo 自紅色核心現身
- 第 9 集 · Koyo遭Festum襲擊並被拖入海中，其父母遭驅逐。
- 第 10 集 · 和樹回想起導致雙志受傷的過往，廣人抗爭，瑪雅造訪後和樹展現水晶生長。
- 第 11 集 · 和雪江搭乘法夫納 Mark Elf 離開島嶼，抵達城市並遭遇 Festum 及被 Neo UN 部隊逮捕
- 第 12 集 · 真渡等人駕駛法夫納迎戰 Festum，一樹面臨禁閉，宗司的隱藏情感浮現
- 第 13 集 · 光弘闡述日本遭毀滅與 Festum 種族滅絕之始，赫斯特展示新武器。