第 8 集: 小隊探索島嶼，Maya 救治傷員，Koyo 自紅色核心現身
2004年8月30日 播出
小隊抵達看似無人的島嶼，各單位展開探索。Maya 被召喚至潛艇機庫救治傷患。與此同時，其他人於廢棄指揮中心發現一名紅色男性核心，該核心召喚大量 Festums 包圍島嶼。Kyouhei Mizoguchi 在機庫找到 Maya，但遭 Yukie Kariya 強迫啟動自毀程序。Soushi 讓 Koyo 將 Maya 和 Kyouhei 帶入地下通往海洋，Kazuki 和 Sakura 則在表面協助擊退 Festums。
集數
- 第 4 集 · 島嶼移動期間，Kazuki違抗命令營救遭Festum追擊的飛機
- 第 5 集 · Hester Gallop 要求移交 Fafner Mark Sechs，Festum 襲擊逼近的艦隊與島嶼
- 第 6 集 · Shoko 犧牲自我摧毀 Festum，Kazuki 應對首波威脅
- 第 7 集 · 紅葉哀悼翔子，櫻在彩彈訓練中視死亡為勇氣，染色體發生變化。
- 第 8 集 · 小隊探索島嶼，Maya 救治傷員，Koyo 自紅色核心現身
- 第 9 集 · Koyo遭Festum襲擊並被拖入海中，其父母遭驅逐。
- 第 10 集 · 和樹回想起導致雙志受傷的過往，廣人抗爭，瑪雅造訪後和樹展現水晶生長。
- 第 11 集 · 和雪江搭乘法夫納 Mark Elf 離開島嶼，抵達城市並遭遇 Festum 及被 Neo UN 部隊逮捕
- 第 12 集 · 真渡等人駕駛法夫納迎戰 Festum，一樹面臨禁閉，宗司的隱藏情感浮現