Classmate (♀) to Meikyuu no Futekisetsu na Kouryakuhou

دبیرستان نیشی دو سال دیگر تعطیل خواهد شد و جمعیت دانش‌آموزی آن به هفت نفر، از جمله هازاکورا موتویا، کاهش یافته است که برای آخرین سال تحصیلی رایگان در مدرسه باقی مانده‌اند. سه دانش‌آموز دختر جدید به نام‌های کایاما، میزومورا و توجو به‌طور غیرمنتظره‌ای وارد می‌شوند. آن‌ها بخشی از یک واحد نظامی هستند که مستقیماً تحت فرمان رئیس‌جمهور فعالیت می‌کنند. مدت کوتاهی پس از ورود آن‌ها، یک برج عظیم در محوطه مدرسه ظاهر می‌شود. تنها تعداد محدودی می‌توانند آن را ببینند و گفته می‌شود پیشرفت‌های نظامی اخیر کشور ناشی از داده‌های جمع‌آوری‌شده در داخل آن است. موتویا برای ورود به برج همراه با سه دختر جهت بررسی رازهای آن انتخاب می‌شود.