Classmate (♀) to Meikyuu no Futekisetsu na Kouryakuhou

西高校は2年後に閉校が決定しており、生徒数はハザクラモトヤを含め7人まで減少している。モトヤが最後の無料学年を過ごす中、3人の新しい女子生徒――カヤマ、ミズムラ、トウジュウ――が予期せぬ形で転入してくる。彼女たちは、校長の直属の指揮下で活動する軍事組織の一員である。彼女たちの到着直後、校内に巨大なタワーが出現する。しかし、その存在を認識できるのは限られた人間だけであり、国内の最近の軍事技術の進歩は、その塔内部で収集されたデータから生まれているという。モトヤは3人の女子とともに、塔の謎を調査するために選ばれることになる。