Classmate (♀) to Meikyuu no Futekisetsu na Kouryakuhou

西希高中即將在兩年內關閉，學生人數也減少到僅剩七人，其中包括選擇留下來度過最後一年的學生本條院。就在這時，三位轉學生——神山、水村與藤歐，突然轉入。她們隸屬於一個直屬總統指揮的軍事單位。她們到來不久後，學校內出現了一座巨大的塔，但只有少數人能看到它，而據說國內最近的軍事進步都來自於塔內所收集的資料。本條院被選中與這三位女孩一同進入塔內，調查其秘密。